近日，中科院深海研究室劉進賢研究組單獨進行的畢業(yè)論文“A high-quality chromosome-level genome of the endangered roughskin sculpin provides insights into its evolution and adaptation”在國際性學術刊物Molecular Ecology Resources線上發(fā)布。該科學研究搭建了松江鱸魚高品質的性染色體水準基因，對松江鱸魚系統(tǒng)分類影響力、異倍體演變、降海產(chǎn)卵洄游及短使用壽命特性等基因遺傳體制給予了新看法。

　　外來物種的物種多樣性水準、人群基因遺傳構造及當?shù)剡m應能力體制對基因遺傳資源的管控與維護具備關鍵實際意義。松江鱸魚是一種大西北中國太平洋特有的一年生降海產(chǎn)卵洄游性魚種，具備關鍵的綠色生態(tài)和文化價值。在最近人類活動危害下，其野生植物資源處在瀕臨滅絕情況，已被列入在我國二級水生物野生植物保護動物。為修復松江鱸魚資源，全國各地最近相繼進行了松江鱸魚人力繁殖和增殖放流工作中，但存有種苗摻雜及來源不清等問題，因而進行松江鱸魚基因及人群分子生物學科學研究，恰當認知能力其物種多樣性水準、種源布局及適應能力體制針對松江鱸魚的創(chuàng)新管理與維護工作中具備關鍵指導作用。

　　該科學研究運用Pacbio-CCS測序技術融合Hi-C技術性取得成功搭建了松江鱸高品質的性染色體水準的基因，基因組尺寸為521.26 Mb, contig N50 做到2.93 Mb,  scaffold N50達到2.93 Mb，共編號21,782個遺傳基因。系統(tǒng)發(fā)育樹結果適用鲉形亞目和杜父魚亞目歸屬于鱸形目；性染色體共線性剖析揭露四次性染色體結合事情是松江鱸基因性染色體數(shù)量降低的緣故，其與造成三刺魚性染色體數(shù)量降低的三次結合事情是互不相關的；較為分子生物學剖析發(fā)覺，與細胞壞死有關的基因家族明顯擴大，與人體免疫系統(tǒng)有關的基因家族明顯收攏，很有可能與松江鱸與眾不同的生態(tài)學特點（如短使用壽命）有關；與滲透濃度調整有關基因家族明顯擴大，推斷與其說降海洄游的生物學特性有關；好幾個與使用壽命有關的遺傳基因遭受了正挑選功效，這種遺傳基因很有可能與短使用壽命特性有關。

　　相關科學研究獲得了自然科學基金委新項目支助，薛東秀副研究員為畢業(yè)論文第一作者，邢輝煌等為協(xié)作創(chuàng)作者，劉進賢研究者為畢業(yè)論文通訊作者。

　　劉進賢課題組最近緊緊圍繞松江鱸魚維護細胞生物學，對焦松江鱸魚物種基因遺傳特點與適應能力演變，選用傳統(tǒng)式分子標記和簡單化基因組研究方式，獲得了系列產(chǎn)品研究成果：查清了中國境內現(xiàn)生松江鱸魚人群的群體基因遺傳特點，基本分析了其當?shù)剡m應能力的細胞生物學體制，確立了在我國地區(qū)松江鱸魚種源維護布局，有關科學研究結果發(fā)布在Conservation Genetics 和Genome Biology and Evolution等國際性學術刊物?？茖W研究結果豐富多彩了松江鱸魚種質資源庫，填充了松江鱸魚分子生物學科學研究空缺，為松江鱸魚基因遺傳及維護模塊的區(qū)劃、種源的分析和基因遺傳管理制度的建立給予了科學論證。伴隨著基因組測序技術性的迅速發(fā)展趨勢，高品質的參照基因的搭建對全方位分析外來物種基因物種多樣性及演變歷史時間，深層挖掘高品質種質等極其重要，也為從全基因水準上進行人群分子生物學科學研究，深入分析與物種維護及融入體制有關關鍵問題確立了牢固基礎。

　　畢業(yè)論文連接：

　　Dong-Xiu Xue, Teng-Fei Xing, Jin-Xian Liu （2022）。 A high-quality chromosome-level genome of the endangered roughskin sculpin provides insights into its evolution and adaptation. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13582.

　　Yu-Long Li#, Dong-Xiu Xue#, Bai-Dong Zhang, Jin-Xian Liu （2019）。 Population genomic signatures of genetic structure and environmental selection in the catadromous roughskin sculpin Trachidermus fasciatus, Genome Biology and Evolution, 11（7）， 1751-1764. https://doi.org/10.1093/gbe/evz118.

　　Yu-Long Li, Dong-Xiu Xue, Tian-Xiang Gao, Jin-Xian Liu （2016）。 Genetic diversity and population structure of the roughskin sculpin （Trachidermus fasciatus Heckel） inferred from microsatellite analyses: implications for its conservation and management. Conservation Genetics, 17（4）， 921-930. https://link.springer.com/article/10.1007/s10592-016-0832-7.