2 結果與剖析

2.1 冷激蛋白質遺傳基因的復制

根據(jù)16S轉錄組測序結果的對比剖析明確該菌為腐壞希瓦氏菌。以這株海產品腐壞希瓦氏菌的基因DNA為模版，用相對應引物設計對冷激蛋白質遺傳基因開展PCR擴增，隨后用2%的瓊脂糖電泳電泳原理檢驗PCR擴增物質，結果如圖所示1所顯示。PCR擴增物質的尺寸在500bp上下，與預計的物質尺寸相符合。將PCR物質送至上海生工轉錄組測序，并將轉錄組測序編碼序列用ORFFinder軟件和Blast剖析。應用ORFFinder軟件的結果顯示，復制的基因片段都是有詳細的開放閱讀框（ORF），3個冷激蛋白質遺傳基因Csp1589，Csp1376和Csp2252的ORF長短各自為210，210，207bp，起始密碼子為ATG，終止密碼子為TAA，各自編號69，69，6八個碳水化合物。Blast結果顯示，海產品腐壞希瓦氏菌的3個冷激蛋白質遺傳基因與腐壞希瓦氏菌方式菌種的3個冷激蛋白質遺傳基因的編碼序列相似度均達100%，表明冷激蛋白質高寬比傳統(tǒng)。

2.2 系統(tǒng)軟件產生樹的搭建

應用MEGA7.0手機軟件搭建腐壞希瓦氏菌和大腸埃希菌的冷激蛋白質的系統(tǒng)軟件產生樹，結果如圖2所顯示。海產品腐壞希瓦氏菌的冷激蛋白質遺傳基因Csp1589和Csp1376與大腸埃希菌的冷激蛋白質遺傳基因CspA聚類算法在同一種群，說明他們相互之間的有較高的相關性和較近的親緣關系。大腸埃希菌CspA為關鍵的冷誘發(fā)蛋白質，超低溫下很多表述?；就茢郈sp1589和Csp1376在腐壞希瓦氏菌對超低溫威逼的融入中起主導作用。腐壞希瓦氏菌的冷激蛋白質遺傳基因Csp2252與大腸埃希菌的冷激蛋白質遺傳基因CspD坐落于同一發(fā)枝，大腸埃希菌CspD在營養(yǎng)成分欠缺時很多表述并能融合單鏈DNA，進而抑止性染色體的拷貝，因而腐壞希瓦氏菌的冷激蛋白質遺傳基因Csp2252很有可能與細胞生長分裂相關。

2.3 冷激蛋白質的物理化學特性

運用ProtParam預測分析腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質的基本上生理學、生物化學特點，結果見表2。預測分析的腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質是由68～69個氨基酸殘基組成，分子質量在7.4ku上下的小分子水蛋白質，且其帶負電的碳水化合物的量超過帶正電碳水化合物的量，即酸性氨基酸的量超過堿性氨基酸的量，PＩ低于7，表明這種蛋白全是酸堿性蛋白，合乎CSPs的特性。蛋白的總均值吸水性為負值，表明測量的蛋白質皆為吸水性蛋白質。由不穩(wěn)定指數(shù)得知，除Csp2252外，蛋白在離體的穩(wěn)定都不錯，在大腸埃希菌身體的藥物半衰期超過10h。PSORT預測分析腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質皆定坐落于細胞核。TMHMM預測分析數(shù)據(jù)顯示腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質均不會有α螺旋式跨膜，是是非非跨膜蛋白。SignalＩP預測分析結果顯示腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質不會有信號肽，不可以代謝到胞外。推斷腐壞希瓦氏菌的3個冷激蛋白質均為非代謝型、非跨膜蛋白，冷激蛋白質在腐壞希瓦氏菌細胞核中生成后不開展蛋白質裝運，只是保存在細胞基質中充分發(fā)揮。

2.4 冷激蛋白質的碳水化合物保守序列及結構域剖析

將腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質的氨基酸序列遞交至CDservice，檢驗數(shù)據(jù)顯示：腐壞希瓦氏菌的冷激蛋白質Csp1589、Csp1376和Csp2252都具備DNA融合結構域和RNA融合基序，且同歸屬于類S1總科。類S1總科是一類包括與核糖體蛋白S1的RNA融合結構域類似的結構域的蛋白質合輯。這類構造最開始在S1核糖體蛋白中被發(fā)覺，現(xiàn)階段已在多種多樣RNA有關蛋白質中被發(fā)覺

SMART預測分析結果顯示：腐壞希瓦氏菌的3個冷激蛋白質都包括冷休克結構域（Coldshockdomain，CSD），冷休克結構域歸屬于類S1總科這一超級家族，且其從原核生物到高真核生物高寬比傳統(tǒng)，具備RNA分子伴侶作用。包括冷休克結構域的蛋白質能夠參加多種多樣體細胞生理學生物化學全過程，包含對較低溫度的融入、營養(yǎng)成分威逼、細胞生長和發(fā)育階段等。除此之外，由圖3得知腐壞希瓦氏菌的冷激蛋白質Csp1589和Csp1376歸屬于傳統(tǒng)蛋白質結構域大家族CspC，是冷誘發(fā)蛋白質，因而推斷Csp1589和Csp1376與病菌對較低溫度的適應能力相關；而腐壞希瓦氏菌Csp2252不屬于CspC大家族，其很有可能參加其他的體細胞全過程，這一結果與所述系統(tǒng)軟件產生樹的結果一致。